一、參選資格：
團體組：
凡我國政府機關（以中央三級機關／單位及縣市政府所屬一級單位為申請單位）、依法設立之大專院校（以校或院級為申請單位）、公民營企業及社（財）團法人等團體。
個人組：
凡於產、學、研界及政府機關之個人，長期推動產業創新，具特殊創新成就，對國家社會及產業有卓越貢獻及長遠影響者，或其創新成果對產業具前瞻性及創造性，對未來產業具傑出衍生效益，足為我國產業創新之典範。
一般個人組：
具中華民國國籍之公民。
青年組：
凡具中華民國國籍之公民，且為40 歲以下( 民國70 年1 月1 日以後出生) 之青年。
二、獲獎限制：
團體組：
已獲得總統創新獎之團體，不得報名相同獎項。
個人組：
已獲得總統創新獎之個人，不得報名相同獎項。
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